六軸往復機支持自定義運行軌跡，這是其在多維噴涂場景中實現高精度、高柔性作業的關鍵優勢之一。六軸結構具備X、Y、Z直線軸加上三個旋轉軸（A、B、C軸），可在空間中實現復雜角度與曲面的跟隨噴涂，因此在程序控制層面具備軌跡自定義功能。

多數六軸往復機配套的控制系統支持圖形化路徑編輯，用戶可通過示教器、手動拖動或離線編程方式設定運動軌跡，包括噴涂角度、起止點、移動速度、噴槍開啟時機等參數。同時支持插值運算，實現連續光滑曲線噴涂，避免路徑中斷造成涂層不均。

針對多面體工件，如汽車保險杠、摩托車頭盔、家電外殼等復雜輪廓，六軸往復機可結合CAD/CAM軟件實現軌跡自動生成，部分設備還支持導入三維模型后自動匹配噴涂路徑，大大提升調試效率。

此外，運行軌跡可按批次或產品類型存儲成程序模板，便于切換和批量調用。對于大批量定型生產的用戶來說，軌跡自定義能力不僅提升噴涂質量，也優化了換線效率與自動化程度。